Små enskilda avlopp med dålig rening kan innebära både miljö- och hälsoproblem 
Utsläpp av dåligt renat avloppsvatten från små avlopp kan ge upphov till negativa miljö- och hälsoeffekter. Organiska ämnen kan ge syrebrist i de vatten de släpps ut i. Bakterier, virus och parasiter kan ge upphov till sjukdomar då utsläpp kan hamna i din egen eller grannens brunn.

Den vanligaste orsaken till dåligt dricksvatten i enskilda vattentäkter är mikrobiologisk tillväxt, vilket ofta har koppling till små dåliga avlopp i närheten. Ungefär var tionde bergborrad brunn och var tredje grävd brunn hade otjänligt dricksvatten på grund av mikrobiologisk tillväxt enligt en undersökning som socialstyrelsen gjorde i samverkan med kommunerna 2007.